公司股权变更原合同是否有效要视情况而定。
如果没有特别说明，应该认为有效。当然，在股权转让时，原股东有义务告知新股东该协议，如果没有告知，该协议是否对新股东发生效力，还是要考虑该协议对新股东的影响，如果新股东知道该协议就不会入股的话，新股东有权以股权转让协议无效。但这个变更要去工商部门登记才生效。
《公司登记管理条例》
第三十四条
有限责任公司变更股东的，应当自变更之日起30日内申请变更登记，并应当提交新股东的主体资格证明或者自然人身份证明。有限责任公司的自然人股东死亡后，其合法继承人继承股东资格的，公司应当依照前款规定申请变更登记。有限责任公司的股东或者股份有限公司的发起人改变姓名或者名称的，应当自改变姓名或者名称之日起30日内申请变更登记。